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Plant Phenomics | 利用RGB图像和反向传播神经网络对橄榄果实关键品质性状进行表型分析
发表时间:2023-08-11 14:52:39点击:483
橄榄油作为一种健康的抗氧化剂(如酚类化合物),导致橄榄作物在全球越来越流行。此外,酚类化合物(酚类)具有约50%的油抗氧化能力,有助于其随着时间的推移保持稳定。尽管酚类物质有这些相关特征,但油的浓度(鲜重%)是作物经济效益的显著质量性状。与此相反,要总结果实的内在品质,应考季节变化对虑油和苯酚浓度的影响。与作物的人工管理模式相同,收获时间会影响石油和苯酚的丰富程度,进而影响产量质量和作物的经济效益。植物表型组学是一种创新的、非侵入性的、基于图像的技术,通过它可以识别植物特征并检索它们对各种刺激的定量反应。随着成像技术应用的增加,值得注意的是,它越来越多地与人工神经网络(ANNs)相结合,以提高对植物性状的监测的精度。
2023年6月, Plant Phenomics 在线发表了UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DELLA BASILICATA 的 GIUSEPPE MONTANARO 等人题为 Phenotyping Key Fruit Quality Traits in Olive Using RGB Images and Back Propagation Neural Networks 的研究论文。
为了预测橄榄果实中的油和酚浓度,我们结合反向传播神经网络(BPNN)和无接触植物表型技术来检索基于RGB图像的油和酚浓度。连续两年每间隔10天采集三种不同成熟时间的橄榄品种的果实,拍照并分析酚和油浓度。在此之前,对水果样本进行拍照,并对图像进行分割,提取红色(R)、绿色(G)和蓝色(B),以35个基于RGB的比色指标重新排列图像的平均像素值。利用原始的35个RGB指数,设计了3个BPNNs作为输入变量(a),(b)进行主成分分析(PCA)预处理后的主成分得分,(c)进行稀疏PCA后RGB指数的数量减少。结果表明,所有BPNN的R2平均值最高,分别为0.87~0.95(油)和0.81~0.90(酚类)。除了R2之外,还计算了均方根误差RMSE和平均绝对误差MAE,并将其合并为一般性能指标GPI。GPI的排序结果表明,可以为根据其成熟期分组的品种设计一个具有特定拓扑结构的BPNN。
本研究检验了一个假设,即油脂和苯酚浓度通过BPNN检索整个季节橄榄果实的RGB图像比色指数进行预测。本研究表明,基于RGB的图像表型可以有效预测橄榄果实的关键品质性状,支持数字农业领域的橄榄区发展。
图1 成像、分割、水果质量(油和总酚)的测定,以及通过反向传播神经网络(BPNN)建模的实验设计流程图。分割后,将感兴趣区域(ROI)分割成R、G、B通道(灰度),并测量每个通道中ROI的光强分布的平均值。BPNNs的输入(红色文本)是基于RGB的比色索引(BPNN),由PCA(PCA_BPNN)产生的PC1和PC2的分数,以及在稀疏PCA(SPCA_BPNN)之后选择的具有非零负载(NNZL)的RGB索引。PC数(2)和原始RGB索引输入遗传算法(GA),以确定非零负荷(NNZL)的特征数,作为稀疏PCA的输入参数;红星表示未用于SPCA_BPNN的索引,因为在稀疏PCA之后,它们的加载量为0
图2通过不同BPNN模型计算的(A、C和E)油和(B、D和F)苯酚浓度的残差值(抖动点)的分布,水平虚线表示0
论文链接:
http://spj.science.org/doi/10.34133/plantphenomics.0061
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About Plant Phenomics
《植物表型组学》(Plant Phenomics)是由南京农业大学和美国科学促进会(AAAS)合作创办的英文学术期刊,于2019年1月正式上线发行。采用开放获取形式,刊载植物表型组学交叉学科热点领域具有突破性科研进展的原创性研究论文、综述、数据集和观点。具体范围涵盖高通量表型分析的最新技术,基于图像分析和机器学习的表型分析研究,提取表型信息的新算法,作物栽培、植物育种和农业实践中的表型组学新应用,与植物表型相结合的分子生物学、植物生理学、统计学、作物模型和其他组学研究,表型组学相关的植物生物学等。期刊已被DOAJ、Scopus、PMC、EI和SCIE等数据库收录。科睿唯安JCR2022影响因子为6.5,位于农艺学、植物科学、遥感一区。中科院农艺学、植物科学一区,遥感二区,生物大类一区(TOP期刊)。2020年入选中国科技期刊卓越行动计划高起点新刊项目。
说明:本文由《植物表型组学》编辑部负责组稿。
中文内容仅供参考,一切内容以英文原版为准。
排版:赵倩莹(南京农业大学)
审核:孔敏、王平