Plant Phenomics | 基于多年份、多评级的新型RGB 图像数据集进行高效无损赤霉病(FHB)估计

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Plant Phenomics | 基于多年份、多评级的新型RGB 图像数据集进行高效无损赤霉病(FHB)估计

发表时间:2023-08-21 19:02:29点击:699

来源:植物表型组学

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小麦赤霉病 (Fusarium head blight, FHB) 是最常见的小麦病害之一,FHB除了造成大量减产和降低烘焙质量外,还是谷物中真菌毒素的主要来源,生物化学方法可用于检测FHB产生的真菌毒素。基于田间的FHB严重程度评分依赖于对小麦穗上的疾病发病率和严重程度的视觉评估以及取决于育种者的感知和经验。基于传感器的FHB高通量表型可以促进评分过程,有效的FHB表型对加速抗性育种至关重要,但目前使用的方法既耗时又昂贵。

2023年7月,Plant Phenomics在线发表了AImotion Bavaria, Technische Hochschule Ingolstadt等单位题为Efficient Noninvasive FHB Estimation using RGB Images from a Novel Multiyear, Multirater Dataset 的研究论文。

本文提出了一种使用红绿蓝 (RGB) 图像来估计 FHB 严重程度的无损分类模型,无需进行大量预处理。该模型接受从消费级、低成本 RGB 相机拍摄的图像,并将 FHB 严重性分为6 个顺序级别。此外,我们还引入了一个新的数据集,该数据集由来自3个不同年份(2020年、2021年和2022年)的约3000幅图像组成,并由独立评分者对每张图像进行了2次FHB严重程度评估。试验基于EfficientNet (size b0)网络进行模型训练,结果表明,评估者间的可靠性(Cohen’s kappa,κ)远低于网络对单个评估者所取得的结果。此外,当使用多年的数据进行训练并对独立年份的数据进行测试时,该模型显示出良好的泛化效果。

本研究提出的轻量级模型和方法可以部署在移动设备上,根据低成本RGB相机的图像自动客观地评估FHB严重程度。源代码和数据集可从http://github.com/cvims/FHB_classification获得。

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图1从左到右,FHB严重程度增加的数据集示例

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图2 EfficientNet-b0 网络训练过程的数据管道以及将验证和测试数据应用到网络的数据转换

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图3 τ₁ vs τ₂(A)和 τ₁ vs Nτ₁(B)的混淆矩阵,都来自于数据D20。y轴为τ₁。

论文链接:

http://spj.science.org/doi/10.34133/plantphenomics.0068

源代码和数据集:

http://github.com/cvims/FHB_classification

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About Plant Phenomics

《植物表型组学》(Plant Phenomics)是由南京农业大学和美国科学促进会(AAAS)合作创办的英文学术期刊,于2019年1月正式上线发行。采用开放获取形式,刊载植物表型组学交叉学科热点领域具有突破性科研进展的原创性研究论文、综述、数据集和观点。具体范围涵盖高通量表型分析的最新技术,基于图像分析和机器学习的表型分析研究,提取表型信息的新算法,作物栽培、植物育种和农业实践中的表型组学新应用,与植物表型相结合的分子生物学、植物生理学、统计学、作物模型和其他组学研究,表型组学相关的植物生物学等。期刊已被DOAJ、Scopus、PMC、EI和SCIE等数据库收录。科睿唯安JCR2022影响因子为6.5,位于农艺学、植物科学、遥感一区。中科院农艺学、植物科学一区,遥感二区,生物大类一区(TOP期刊)。2020年入选中国科技期刊卓越行动计划高起点新刊项目。

说明:本文由《植物表型组学》编辑部负责组稿。

中文内容仅供参考,一切内容以英文原版为准。

排版:赵倩莹(南京农业大学)

审核:孔敏、王平

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