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Plant Phenomics | 西北农林科技大学基于数字图像的多维性状评价小麦种质遗传变异的途径
发表时间:2024-03-07 09:51:49点击:351
种质资源是作物育种的重要基础,作物种质遗传变异的评估一直是农业研究的重要课题。作物种质的遗传变异是由自然遗传漂变和人类主导的选择共同决定的,赋予作物适应不同环境条件的能力。
2023年11月,Plant Phenomics 在线发表了由西北农林科技大学联合中国农业大学合作完成的题为 A Pathway to Assess Genetic Variation of Wheat Germplasm by Multidimensional Traits with Digital Images 的研究论文。本文提出了一种新的途径,通过数字图像生成的小麦种子多维性状来评估种质遗传变异。
本研究首先建立了机器视觉平台,从小麦种子的全方位图像序列中重建小麦种质3D模型。然后,利用小麦种质3D模型进行多维性状分析,包括种子长度、宽度、厚度、表面积、体积、最大投影面积、圆度,以及2个新性状,分别为心形衍生面积和调整指数(J指数)。为评估小麦种质的遗传变异,采用提取的15份小麦种质的形态学性状,进行了表型变异系数(PCVs)技术、方差分析(ANOVA)、聚类和定义的遗传变异因子(GVF)计算。三维重建模型的相关系数(R)和均方根误差(RMSE)证明了测量精度。PCVs在所有性状中表现出多维性状的重要性,如种子体积(22.4%)、心形衍生面积(16.97%)和最大投影面积(14.67%)。方差分析显示所有种质之间存在高度显著差异。GVF的结果反映了从亲本到子代的基因型变异和表型性状之间的联系。
研究结果证实了基于图像的重建方法在测量小麦种子多维性状和评估遗传变异的可行性。未来的研究可以将基于图像的三维重建算法应用于其他作物和性状的遗传变异分析,并将其与基因分型研究相结合,以更好地服务农业育种。
图1 三维重建流程图。
图2 机器视觉平台。整个平台由5个部分组成:(1)吸取机构,(2)样品,(3)CCD相机,(4)环形灯和(5)真空泵。吸收机构由4部分组成:(6)步进电机,(7)连接轴,(8)空气管,(9)吸嘴。
图3 遗传变异评估图。
论文链接:
http://spj.science.org/doi/10.34133/plantphenomics.0119
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http://spj.science.org/doi/10.34133/plantphenomics.0128
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About Plant Phenomics
《植物表型组学》(Plant Phenomics)是由南京农业大学和美国科学促进会(AAAS)合作创办的英文学术期刊,于2019年1月正式上线发行。采用开放获取形式,刊载植物表型组学交叉学科热点领域具有突破性科研进展的原创性研究论文、综述、数据集和观点。具体范围涵盖高通量表型分析的最新技术,基于图像分析和机器学习的表型分析研究,提取表型信息的新算法,作物栽培、植物育种和农业实践中的表型组学新应用,与植物表型相结合的分子生物学、植物生理学、统计学、作物模型和其他组学研究,表型组学相关的植物生物学等。期刊已被DOAJ、Scopus、PMC、EI和SCIE等数据库收录。科睿唯安JCR2021影响因子为6.5,位于农艺学、植物科学、遥感一区。2023年中科院期刊分区位于农林科学大类一区。2020年入选中国科技期刊卓越行动计划高起点新刊项目。
说明:本文由《植物表型组学》编辑部负责组稿。
中文内容仅供参考,一切内容以英文原版为准。
撰稿:张帆航(南京农业大学)
排版:赵倩莹(南京农业大学)
审核:孔敏、王平