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对植物种质资源的遗传多样性研究,有利于种质资源的收集、保存、鉴定、创新和合理利用。除了分子标记，形态学标记和RAPD标记相结合,运用谱系聚类分析、主分量分析和对应分析,可对植物种质材料的遗传多样性进了研究，例如先制定植物学性状观察记载标准;对植物学性状的遗传多样性参数统计分析，如性状变量(包括质量性状和数量性状)，质量性状中,花冠色，“叶色”。质量性状,如花节位，“果皮光滑”，数量性状中，如果柄长，“果柄凹进”等，完全可以通过多光谱表型成像系统进行研究，记录植物表型特征信息。

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